Медицинский комитет курирует вопросы спортивной медицины, антидопингового контроля в области футбола, вносит в Исполком предложения по усовершенствованию системы антидопингового контроля и разрабатывает соответствующие документы, а так же разрабатывает методики снижения травматизма в футболе.