Контрольно-дисциплинарный комитет является юрисдикционным органом дисциплинарной власти первой инстанции в области футбола. В состав Контрольно-дисциплинарного комитета входят председатель, заместитель председателя и 9 обычных членов. Председатель комитета должен иметь высшее юридическое образование. Комитет может выносить дисциплинарные санкции, изложенные в Дисциплинарном регламенте РФС, по отношению к членам РФС, официальным лицам, игрокам, клубам и иным субъектам футбола. Данные положения не затрагивают полномочий соответствующих органов в отношении исключения из Членов РФС.

Комитет по этике является юрисдикционным органом РФС, деятельность которого направлена на сохранение деловой репутации ФИФА, УЕФА, РФС, лиг и иных субъектов футбола, осуществляющим применение дисциплинарных санкций за нарушение этических норм, установленных Регламентом РФС по этике. Решения Комитета по этике могут быть обжалованы в Апелляционный комитет.

Комитет по статусу игроков осуществляет определение статуса игроков, в том числе разрешает споры, связанные со статусом игрока, рассматривает жалобы на решения Палаты по разрешению споров, а так же следит за выполнением Регламента по статусу и переходам (трансферу) футболистов. Комитет по статусу игроков представляет в Исполком предложения по совершенствованию Регламента РФС по статусу и переходам (трансферу) футболистов, разрабатывает и представляет в Исполком документы, регламентирующие деятельность Палаты по разрешению споров.

Палата по разрешению споров осуществляет досудебное (внесудебное) урегулирование споров, участниками которых являются клубы, игроки, тренеры, агенты футболистов и иные субъекты футбола, а также применяет дисциплинарные санкции за нарушения Регламента по статусу и переходам (трансферу) футболистов, а также иных регламентов (положений), в случае прямого на то указания в них. Решения Палаты по разрешению споров по категориям споров, определяемым соответствующими регламентами (положениями), могут быть обжалованы в Комитет по статусу игроков.

Комиссия по деятельности агентов футболистов курирует вопросы  агентской деятельности, обеспечивает соответствие деятельности агентов футболистов законодательству Российской Федерации, настоящему Уставу, регламентирующим документам ФИФА и РФС, представляет в Исполком на утверждение документы, регламентирующие деятельность агентов футболистов, а так же применяет к агентам футболистов дисциплинарные санкции за нарушение документов, регламентирующих деятельность агентов футболистов. Решения Комиссии по деятельности агентов футболистов могут быть обжалованы в Апелляционный комитет по деятельности агентов футболистов.

Апелляционный комитет по деятельности агентов рассматривает жалобы, поданные на решения Комиссии по деятельности агентов футболистов.

Апелляционный комитет является юрисдикционным органом дисциплинарной власти второй инстанции в области футбола. В состав Апелляционного комитета входят председатель, заместитель председателя и 5 обычных членов. Председатель такого комитета должен иметь высшее юридическое образование. Апелляционный комитет несет ответственность за слушание апелляций на решения Контрольно-дисциплинарного комитета РФС, которые не являются окончательными.